Olá, Michel! Essa situação tem três frentes que precisam andar juntas: o eSocial, a multa/GRRF e o saldo que o trabalhador sacou. Vou na ordem prática.
1) eSocial — exclua o desligamento. Como o contrato vai continuar (as partes desistiram da rescisão), o caminho é enviar a exclusão do evento S-2299 (Desligamento). Excluído o S-2299, o vínculo volta a ficar ativo e a folha volta a correr normalmente a partir da competência correta. Se houve evento de afastamento/retorno ou alguma rescisão complementar, verifique a sequência antes de excluir, para não deixar evento órfão.
2) Multa rescisória / GRRF que a empresa recolheu. O valor que a empresa pagou (inclusive a indenização de 40%) deve ser objeto de restituição/estorno pelo FGTS Digital, no módulo de restituição/estorno de valores. É a empresa que pede de volta o que recolheu indevidamente em razão da rescisão cancelada.
3) Saldo de FGTS que o trabalhador sacou. Essa parte é a mais sensível: como o saque já ocorreu, o dinheiro saiu da conta vinculada e está com o trabalhador. Para recompor a conta, o empregado precisa devolver o valor sacado — a Caixa gera uma guia de devolução de valores sacados (o procedimento "antigo" que você mencionou continua sendo a lógica: o valor volta para a conta vinculada via guia). Enquanto essa devolução não acontecer, a conta ficará com saldo divergente.
Dica para destravar o "um joga para o outro": separe formalmente as duas coisas ao falar com cada órgão. Restituição da GRRF/multa paga pela empresa = FGTS Digital (restituição/estorno). Devolução do saldo sacado pelo trabalhador = Caixa (guia de devolução de valores sacados na conta vinculada). Quando você pede "a guia de devolução do saque" na Caixa (e não "estorno da GRRF"), costuma fluir melhor.
Importante documentar: formalize por escrito o acordo de cancelamento/distrato da rescisão, assinado pela empresa e pelo empregado, deixando claro que ambos desistiram do desligamento e que o contrato segue sem interrupção. Esse documento é o que justifica a exclusão no eSocial e os pedidos na Caixa/FGTS Digital, além de proteger a empresa caso haja questionamento futuro sobre o período.
Resumo: exclui o S-2299 no eSocial; pede restituição da GRRF no FGTS Digital; o empregado devolve o saldo sacado via guia da Caixa; e tudo amparado por um acordo de cancelamento assinado pelas partes.